医院的科室设置，是随着医院规模的扩大和技术水平的提高，为适应临床工作和医院发展的需要而逐步增设完善的。医院科室设置分职能、临床、医技、分院及专科医院四个部分。
　　一、职能科室
　　1、办公室
　　医院办公室是实施医院管理的职能部门，一是在院党委的领导下，负责党建、政治、思想及精神文明工作。二是负责全院的秘书、行政管理工作及医院工作计划、总结、有关文件、材料的草拟，并负责督促贯彻执行。安排各种行政会议，做好会议记录。领导行政文件的收发登记、转递传阅、立卷归档、保管、利用等工作。负责印鉴、打字、外勤、通讯联络、人民群众来信来访处理、参观及外宾的接待等工作及安排行政用车和完成院领导临时交办的其他工作。
　　2、政工科
　　政工科是实施医院人事管理的职能部门。在院党委、院委会的领导下，负责全院的党建、政治思想、精神文明、人员调动调整、职务任免、职称晋升聘任、工资福利、养老保险、考核奖惩、继续教育、组织人事年报、离退休等项工作的具体贯彻和落实。
　　3、医务科
　　医务科是联系协调医院内、外医疗、教学、科研和组织实施检查全院业务技术人员的业务训练、技术考核的行政管理部门。协助院长拟定全院医疗、教学、科研等各项工作计划，并督促各科室认真落实。组织重大抢救和院内外会诊。对医疗事故进行调查、讨论，向院领导提出处理意见。协助政工科做好卫王技术人员的晋升、奖惩、调配工作。负责组织实施临时性院外医疗任务和对
基层的技术指导工作。并负责病案的管理工作。
　　4、护理部
　　护理部负责全院护理工作，拟定护理工作计划，检查护理工作质量，预防事故差错。拟定和组织修改全院护理常规，并严格督促执行。检查指导各科室做好基础护理和执行分级护理制度。对抢救危重病员的护理工作进行技术指导。负责拟定在职护士培训计划及落实措施。组织全院护理人员的业务技术训练，定期进行业务技术考核。负责院内护理人员的调配，并担任护士教学、实习任务的计划安排。

    5、宣传科

    宣传科在院党委、院委会的领导下，负责全院的思想政治工作及医院先进技术和医德医风、法律法规的宣传教育，负责医院网站的日常管理和维护，院报的编辑发放，与各新闻媒体紧密协作，向社会介绍宣传我院的先进技术和设备，进一步提升我院在社会上的知名度和影响力。
　　6、门诊部
　　门诊部是负责门诊医疗、护理、预防、教学、科研和行政管理工作的办事机构。其主要任务是协调门诊各科室的关系。负责制订门诊部工作计划并组织实施。负责领导、组织、检查门诊病员的诊治和急诊、危重、疑难病员的会诊、抢救工作。负责维持门诊秩序，改进医疗作风，改善服务态度，简化各种手续，方便病人就诊。检查门诊诊疗质量，负责组织门诊工作人员做好卫生宣教、清洁卫生及处理门诊方面的群众来信、来访工作。
　　7、预防保健科
　　预防保健科主要负责医院和院外地段的预防保健工作。拟定预防保健工作计划，经院长批准后，组织实施。完成本院职工的医疗保健工作。建立并管理好职工病案。做好计划生育、卫生知识的宣传。积极开展、督促、检查、指导本院和地段的爱国卫生运动，做好除害灭病工作。
　　8、总务科
　　总务科主要负责组织领导全院的物资供应、设备维修、基建、房屋修缮、院容院貌和职工生活等工作。下设保管室，配工作人员2人。司务室，配生活管理员1人，会计1人。职工食堂、病员食堂和开水房等。
　　9、财务科　　
　　负责医院财务工作。负责全院的财经核算、各项收支预决算及工资奖金的发放。下设住院处、门诊收款处。
　　10、财务审计科
　　财务审计科负责全院的财经核算，各项收支预决算、工资奖金发放与社会保障金管理，内部审计等工作。
　　11、保卫科
　　保卫科负责医院安全、户籍管理工作，维持医院秩序，并对职工进行法制教育，依靠群众搞好四防工作（防盗、防火、防破坏、防治安灾害事故）。贯彻上级党委、政府、业务部门指示，抓好社会治安综合治理，做好各种防范，不断改进防范措施。做好后进青年的帮教工作。
　　12、信息统计科
　　信息统计科下设计算机中心，负责医院网络的正常运转和各种信息的收集、分类分析、反馈分析和向上级机关报送各种统计报表。每月印发《医院信息》一期。
　　13、审计科
　　主要负责医院内部审计工作。完成上级审计机关安排的审计任务，完成院领导交办的其他各种工作。
　　14、医疗设备科
　　医疗设备科负责组织全院医疗器械、仪器设备、卫生材料的采购、供应、管理、维修工作。制定全院医疗仪器、器械的请购计划，报院长审批后实施。了解、检查各科室医疗器械的需要和使用、管理情况，做好合理供应和调配，发现问题及时处理。组织有关人员对购入、调入的国内、外贵重仪器进行验收和鉴定。组织制定贵重仪器的管理和使用制度，督促使用人员严格执行操作规程，发挥仪器的应有效能。提供医疗仪器、设备的可行性报告和临床效益分析。
　　15、医疗保险管理科
　　医疗保险科主要负责：对全县医疗保险人员，定点在我院的离休人员、二等乙级以上的伤残军人的门诊治疗与住院的管理及核算工作。
　　16、感染管理科
　　主要负责拟定医院感染监控规划，执行各项监测制度，对医院感染的有关资料进行汇总、分析、统计医院感染发病率及其他情况，定期向院委会和有关部门报告等。
　　17、卫生管理科室
　　卫生管理科主要工作任务：对全院卫生员进行统一管理，负责对病房、门诊以及院内各区域的卫生清理与保洁任务。

18、医患关系办公室

医患关系办公室负责对所有出院病号的回访和信息的收集、反馈，是医院和患者沟通的桥梁，协助领导处理日常的医患纠纷。
　　二、临床科室
　　临床科室是医院开展医疗、护理、教学、科研的基地。建院初期，由于条件所限，只有门诊、分诊病室、换药室、登记室、手术室、调剂室、黑热病治疗室等，在门诊设综合性简易病房。随着医院规模的扩大，业务的发展和群众医疗需求日益增长，临床科室设置逐步增加，业务范围不断扩大。1994年9月18日省卫生厅鲁卫医字（1994）第57号文件公布医院为卫生部部颁标准二级甲等医院。同年9月，通过省卫生厅组织的爱婴医院评估。
　　随着医院的不断发展，对临床科室多次进行调整和专业组化，至2002年12月，全院共有临床科室21个，2001年医院被中华全国医院管理学会授予为首批“明明白白看病，百姓放心医院”光荣称号。
　　三、医技科室
　　医技科室是医院运行系统中的技术支持系统。它的设置规模大小与技术水平高低，直接影响着对疾病的预防、诊断和治疗，对医学科研和教学工作亦具有重要的作用。随着医院业务的扩大和临床医疗工作的需要，医技科室随之不断增设扩大。
　　四、分院及专科医院
　　1、城阳分院
　　2002年8月28日，莒县人民医院与城阳镇党委、政府协商，租赁城阳卫生院，成立莒县人民医院城阳分院，设内、外、妇、儿、口腔、中医、理疗等临床科室及放射、检验、特检、药剂等医技科室。下设21处社区卫生服务站，床位20张，配院长1人，副院长2人，共有业务人员90人，其它人员6人。担负着辖区67个行政村医疗、预防、保健工作以及全县医疗保险慢性病人的医疗任务。
　　2、眼科医院
　　2002年9月24日，莒县人民医院眼科搬迁至城阳分院，成立莒县眼科医院，隶属莒县人民医院，配院长1人，副院长2人，病床40张，共有业务人员20人，设有白内障复明中心、屈光矫正中心、斜视弱视治疗中心、玻璃体视网膜诊疗中心，担负全县眼科疾病的治疗以及白内障及低视康复工作任务，被县残联定为眼病康复中心。
　　3、东莞分院
　　莒县人民医院东莞分院前身是东莞镇卫生院，2002年3月24日，莒县人民医院与东莞镇党委、政府达成协议，租赁东莞卫生院（租赁期为10年），成立莒县人民医院东莞分院。
　　分院配院长1人，副院长2人。共有专业技术人员40名，其中主任医师1名，副主任医师2名，主治医师7名（硕士研究生1名），初级技术人员30人。设有内科、外科、妇产科、小儿科、五官科、手术室、放射科、检验科、B超室、心电图室等临床、医技科室。开放床位40张，配备大中型医疗设备，有B超、心电图机、心电监护仪、全自动血液、尿液分析仪、X光机、呼吸机、洗胃机、多功能牵引床等万元以上设备20余件。担负全镇52个行政村4万余人口的医疗、预防、保健工作。
　　4、骨科医院
　　2002年9月，莒县人民医院为适应医疗卫生事业的发展需求，从骨科抽调部分业务骨干在莒县振兴西路路南，租赁楼房（面积4300平方米）组建了莒县骨科医院。
　　医院配院长1人，副院长1人。共有专业技术人员13名（包括临时用工9人），配有X光机、全自动血液分析仪、尿液分析仪、自动生化分析仪、手术显微镜、麻醉机、多参数监护仪、B超、多功能病床等先进设备，是我县唯一的一家公立专科医院，主要业务为：骨伤、骨病诊断与治疗。
　　5、竹园煤矿分院
　　莒县人民医院竹园煤矿分院座落在原莒县竹园煤矿区内。由于煤矿破产，原煤矿离休，退休，退养人员的医疗得不到保障，莒县人民医院替政府分忧，替矿区职工着想设立了分院，着实解决了矿区职工看病难的问题，同时也极大的方便了周围群众的就医。
　　该院拥有X光机、B超、心电图机、F-820血液分析及尿液分析等一批先进医疗设备，没有门诊、病房、化验、****照相等科室，有多年临床经验的医生坐诊，又有莒县人民为坚实后盾，县医院专家轮流到分院坐诊，对常见病和一些疑难杂证能得到准确诊断和使该区群众“在家门口”就能享受到专家的服务。分院本着价低质优的服务理念优惠于周围群众，以亲情式的服务，从细节做起，简化了服务流程，诊病处方划价交款一次完成，为行动不便的患者设立了家庭病床，定期上门巡诊和服务，建立随访制度等。以病人为中心，以质量为核心为人民群众身心健康提供优质的服务。
　　6、浮来山分院
　　莒县人民医院浮来分院（原浮来山镇卫生院）是莒县人民医院的直属分院，新院位于县城振兴路西首日照农校对过，占地30余亩，由市人大代表、政协委员、人民医院工会主席、大内科主任、县心血管病研究所所长、著名心血管病专家高树成同志兼任该院院长，医院新建成现已投入使用的门诊病房大楼装修精良，洁净卫生，配套设施齐全，拥有5000毫安X光机、美国GE公司产B超、日本产F820式血液分析仪、尿液分析仪、半自动生化分析仪、心电图机等先进的医疗设备，标准化的病房内设有卫生间、中心供氧、中心吸引、电脑呼吸系统等，病房内24小时供放暖气，产房内另配有空调。伙房配餐齐全，全天候供应热水。县人民医院的专家及我县的名老中医长期在该院坐诊。
　 　莒县人民医院肝病医院，莒县人民医院痔瘘医院同时在分院建成开诊，欢迎广大肝病患者和痔瘘患者前来诊治。
　　一流的技术，先进设备，宾馆式的服务，乡镇医院的收费，莒县人民医院浮来山分院全体医务人员，将以饱满的热情和优质的服务欢迎广大患者前来就诊。救护车24小时免费接送孕产妇及急危重病人。
　　 7、口腔医院
　　莒县口腔医院坐落于浮来山脚下，沭河西畔，城区的黄金地段；由莒县人民医院口腔科和城阳分院口腔科为主体组建而成。是我市首家集口腔、颌面部疾病诊治、预防、保健和口腔医学教育、科研于一体的现代化口腔专科医院，是政府举办的非营利性医疗机构、医疗保险定点单位。
　　医院技术力量雄厚，拥有多名高年资在省级以上医院进修深造的专业医师，特聘青岛大学附属医院口腔科硕士生导师、教授，担任名誉院长、帮助指导工作，与数家上级医院建立了良好的合作关系。
　　医院设置口腔内科、口腔外科、口腔修复、口腔正畸、牙齿美容中心、预防保健、口腔技工室、口腔放射等科室。在我市率先开展了隐形牙、铸造烤瓷牙修复、冷光牙齿美白等项目，其中冷光牙齿美白技术填补了我市空白。在日照市率先达到了"一人一机"和所有入口器械均经严格消毒灭菌标准，彻底杜绝了乙肝、艾滋病的传播。
　　拥有高档综合治疗机，美国冷光牙齿美白仪，日本森田口腔全景机、牙片机，瑞士洁牙机、喷砂机，德国3H光固化机，意大利消毒炉，日本注油机，进口根管治疗机等先进诊疗设备。
　　口腔医院的宗旨是：技术质量一流，设备环境一流，信誉服务一流，为患者提供最佳的口腔治疗及预防保健。
　　8、机关门诊部
　　2000年4月9日在桃园北区租赁房屋7间，成立门诊部，配主任1人，副主任1人，共有业务人员12人，配有X光机、血液分析仪、心电图机等设备，床位5张。主要业务：从事内、外、妇、儿等多发病常见病的诊断与治疗，主要服务范围是社区服务。
　　2001年12月29日，门诊部搬迁至县委、县府生活区，房屋7间（租赁），设门诊、药房、收款、化验、****、心电图等工作室，病床12张，配主任1人，护士长1人，共有业务人员11人。主要为县委、县府离退休人员与周边单位医疗保健服务。